В романе Ивана Сергеевича Тургенева «Отцы и дети» главный герой Евгений Базаров был нигилистом. Надо Евгений Базаров запятыми выделять??

Нет, запятыми выделяют обычно обращения, водные слова и т.д.
Лучше написать так: В романе Ивана Сергеевича Тургенева " Отцы и дети" главным героем является нигилист Евгений Базаров. - тут точно запятых не надо, но это на твое усмотрение:)