Почему в словах вратарь, звонарь, пахарь суффикс АРЬ выделяется а в слове секретарь нет?

Почему в словах вратарь, звонарь, пахарь суффикс АРЬ выделяется а в слове секретарь нет?
вратарь - от слова врат(а)
пахарь -  от слова паха(ть)
звонарь - от слова (звон(ить)
слово секретарь не соотносится со словом секрет.